Manoscritti
Nel 1711, tre anni dopo la sua apertura, la Biblioteca Bertoliana contava un patrimonio di 318 manoscritti; esso andò continuamente aumentando nel corso degli anni, grazie all'attenzione di valenti bibliotecari quali Ignazio Savi (1804-1857) e Andrea Capparozzo (1858-1884), che ricevette, tra gli altri, il cospicuo dono del marchese Ludovico Gonzati. Il fondo comprende oggi 3565 manoscritti. Fra i pezzi più preziosi vanno segnalati i codici liturgici dei secoli XV-XVI, una cospicua raccolta di codici datati, tra cui una Divina Commedia del 1395, i codici giuridici del '300. Sono ben 88 i manoscritti miniati: essi offrono una testimonianza significativa sulla miniatura a Vicenza, crocevia di civiltà al centro dell'area padana orientale.
Appare oggi difficile individuare gli antichi fondi di provenienza del patrimonio manoscritto, in passato mescolato e sistemato per formato.
Il materiale è suddiviso in tre sezioni:
Fondo manoscritti antichi: comprende circa 600 manoscritti appartenenti ai secoli XIII-XVI. Si tratta soprattutto di codici biblici, liturgici e giuridici, classici latini ed italiani, ricettari ed opere di medicina, cronache della città e ricordi familiari, statuti e documenti relativi alla storia di Vicenza e del territorio
Fondo manoscritti generali: comprende circa 850 manoscritti dei secoli XVII-XVIII: poesie ed opere letterarie e grammaticali, trattati religiosi, giuridici, scientifici e filosofici, codici sulla storia di Venezia e delle sue famiglie
Fondo manoscritti vicentini: comprende oltre 2100 codici dei secoli XVII-XX, fonte privilegiata per la storia della città e del territorio, della sua vita artistica, letteraria, religiosa, culturale.